1990年新乡医学院在国内首批独立开设医学免疫学课程，由当时的微生物学与免疫学教研室承担。出于学科发展的需要，2005年5月免疫学教研室独立建制，抽调原微生物学与免疫学教研室的部分骨干教师组成。2020年7月，改建为免疫学系。

目前学系共有专职教师17人，其中博士12人，硕士5人，教授2人，副教授6人，讲师9人，学系人员年龄、学历和学缘结构合理。现有河南省教学名师1人，河南省文明教师1人，河南省青年骨干教师2人，校级优秀教师和教学标兵3人，新乡医学院太行青年学者1人，硕士研究生导师5名。

免疫学系主要承担研究生《免疫学原理》，本科临床医学等专业的《医学免疫学》以及《临床免疫学》等教学任务。2011年被河南省卫生厅评为河南省医学重点学科，2012年入选首批省级精品资源共享课，并获得由教育部教育管理信息中心颁发的第十二届全国多媒体课件大赛一等奖。2016年成为首批河南在线开放课程。2020年《医学免疫学》被评为国家级线上及线上线下混合式一流本科课程，同时被评为河南省医学免疫学思政教学团队。近年来，学系共申请各级教改项目10项，发表教学论文18篇，教学成果奖3项，编著教材与专著9部，2019年成为河南省优秀教学基层组织。截止到2020年，共培养全日制研究生59名，其中多人到国内外著名高校继续攻读博士学位。

在科研工作中，学系依托河南省免疫与靶向药物重点实验室、新乡市肿瘤疫苗及免疫治疗重点实验室，拥有较多先进的仪器设备，目前逐渐形成了肿瘤免疫、代谢免疫、自噬与免疫调节三个稳定的研究方向。目前承担国家自然科学基金和省部及省厅级以上课题10项，经费达180余万元。在Cell Signal、Cell Death & Disease、J Cell Biochem、中华微生物学与免疫学杂志、中国免疫学杂志、细胞与分子免疫学等中外专业杂志上发表论著80余篇，获得省部级和地厅级成果奖6项。获得国家发明专利5项。

   瞄准应用前景开展相关基础研究是学系的科研主流，发表高水平科研论文及开发相关研究成果是学系的追求目标。