生理学与病理生理学系成立于2020年7月，由原生理学与神经生物学教研室、原病理生理学教研室合并而成。学系融合了生理学、病理生理学以及神经生物学三大学科。

1951年我校开设生理学课，1953年组建了生理学教研组，由此迈出了生理学、神经生物学学科建设的步伐。病理生理学教研室（简称病生教研室）于1983年12月成立，时隶属于病理学教研室，1984年由原病理学教研室分出，成为一个独立的教研室。

自上个世纪60年代开始，两个学科从最初的教研组不断发展壮大，涌现出王合轩教授、李钦选教授、李东亮教授，陈正跃教授等多位省管优秀专家、省教学名师和国务院政府特殊津贴享受者。进入新世纪，在各届各级党委的领导下，学系三大学科发展日新月异。2002年“病理学与病理生理学”获批硕士点，2003年“神经生物学”被确定为校重点扶持学科，2004年“神经生物学”被评为新乡医学院“优秀学科”，2005年“生理学”获批硕士点，2008年“病理学与病理生理学”被评为河南省重点学科二级学科，2012年“生理学”和“神经生物学”被列为生物学省级重点学科的两大支撑学科，2013年“生理学”被评为我校重点学科，2017年“病理学与病理生理学”和“生理学”获新乡医学院“高原学科”重点建设。

党的十九大以来，面对新时代和新形式，生理学与病理生理学系将秉承“以不息为体，以日新为道”的发展理念，坚持以教为本，注重科研创新，聚焦学科内涵建设和团队建设的新目标，开启创建高水平医学特色学科的新征程。