新乡医学院2002年设置生物医学工程专业，是河南省早期设置该专业的院校。2003年开始招收本科生，2012年开始生物医学工程学术研究生招生，拥有生物医学工程一级学科硕士授权点（2016年获国家硕士学位授权点评估优秀）和工程领域硕士专业学位授权资格。

生物医学工程学科是一级学科河南省重点学科。依托学校建设高水平医科大学办学定位，面向“健康中国2030”国家需求，立足河南、辐射全国、接轨国际，培养医工复合型高级工程技术人才，能在医疗器械、医疗卫生等相关行业的企事业单位从事工程技术开发、服务、管理和教育等工作。

学科经过多年发展，陆续获批省级医学工程与技术实验教学示范中心、生物医学工程省级特色专业及生物医学工程省级工程教育人才培养模式改革试点等。共有专任教师57人，其中教授3人、副教授9人，具有博士学位者10人，占教师总数的18%，博士生导师1人，硕士生导师11人，河南省教育厅学术与技术带头人3人、太行学者1人、太行青年学者1人、优秀教师3人、教学标兵3人。形成了以学科带头人为核心，教授、博士为主体，核心骨干相对稳定的教学科研团队。

生物医学工程学科根据现有的研究成果及人员结构，围绕学校“精神神经医学学科群”建设规划，结合国内外生物医学工程领域研究现状，凝练出学科的两个研究方向：神经传感与控制工程、纳米生物传感。拥有干细胞与生物治疗国家地方联合工程实验室、临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室、新乡市神经传感与控制工程技术研究中心、新乡市神经生物传感重点实验室、新乡市智能康复设备工程技术研究中心等。建有计算机中心、医学工程虚拟仿真实验中心等现代化教学实验室10个，大学生科研创新平台、医学信息研究中心等创新创业训练平台4个，教学科研设备总值2000多万元，为科学研究和学科建设提供了良好的平台。

学科重视对学生创新能力的培养，积极组织学生参加各类创新创业项目，在每个科研实验室成立科研兴趣小组，由专业教师带队，培养学生的科研兴趣和能力。为学生的创新创业活动提供师资、经费、平台条件等的多方位多层次的强力支持。有20%以上的学生参加全国、校、院级大学生科技创新项目。每年获省级、校级科技创新奖项数十项。